Несмотря на его эффективность, аммиак является веществом с высоким уровнем токсичности. Это требует соблюдения строгих мер безопасности при хранении и использовании, включая использование специализированных хранилищ и оборудования для перекачки. В последние годы разработаны новые методы обработки, которые позволяют снизить риски.